• Gastroezofagealni refluks (GERB -refluksna bolest)
• Gastritis
• Metabolički sindrom
• Čir na želucu i dvanestopalačnom crevu
• Eozinofilni ezofagitis
• Dispepsija
• Konstipacija (zatvor)
• Dijareja (proliv)
• Kronova bolest
• Sindrom nervoznih creva
• Ulcerozni kolitis
• Celijakija
• Bolesti jetre (hepatitisi, ciroza, masna jetra i dr.)
• Bolesti žučnih puteva
• Bolesti pankreasa

Endoskopska dijagnostika spada u red jednostavnih  minimalno-invazivnih metoda koju lekari koriste kada dijagnostičke  metode poput ultrazvuka, rentgena, skenera ili magnetne rezonance ne  mogu dati kompletan uvid u stanje unutrašnjih organa. Postoje različite  dijagnostičke endoskopije, u zavisnosti od organa koji se snima.

Kamerom  na vrhu fleksibilne cevi posmatraju se šupljine organa. U toku pregleda  endoskopom, može se uzeti bris sa površine sluznice organa, kao i uzorak  za biopsiju ukoliko postoji promena. Ono što je najvažnije, tokom  endoskopske dijagnostike može se delovati i terapijski, pa se u istom  aktu mogu uklanjati polipi ili druge primećene promene. 

Endoskopski pregled je potpuno bez bola i neprijatnosti, kada se izvodi u analgosedaciji.